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傅斯年认为“第一流的大学，不能徒然是一个教育机关，必须有他的重要学术贡献，但是，也没有一个第一流的大学，把他的教育忽略了的”，同时他表示“不是我要把一个大学办成一个专是教书的大学。一个专是教书的大学，不会把书教得很好，因为学术水准低，自然不会把书教得深入浅出。所以在进行本校的教育建设上，也应该时时不忘学术的标准”。他以那种“虽千万人，吾往矣”的精神力量，一步一个脚印地往前走去。
曾任中央研究院院士的台大考古人类学系主任李济教授，以自己的亲身体会说：“无论是办研究所或大学，傅斯年总是像一个设计的总建筑师经营一个伟大的建筑一样，有一套完整的蓝图，并且与他的工程师充分地合作，按部就班，一段一段地完成他的计划。困难总是有的，并且常常地遭遇到很大的困难，但他总有法子度过去，他真是克难英雄中的第一把手。”
傅斯年通过一年半的时间，改进各种通习科目，务使来校的学生，一进大门来便得到第一流的教授亲自教诲。在台大，许多一流的教授都教过“通习科目”，比如台静农、毛子水、屈万里等，他们都是学术造诣很深、教学经验丰富的教授，但个个都教过几年大一的基础课。傅斯年强调名教授上基础课的目的，主要是从学术的立脚点出发，对学生进行学术的初始训练，使得学生从一开始就能得到学术的熏陶。
在广泛征求意见的基础上，傅斯年建立了校务会议制度，由校长、教务长、总务长和六个学院院长及教师代表组成校务委员会定期讨论，以集思广益民主方式议决学校大事。傅斯年此举调动了各方面的积极性，有力地促使了学校决策的民主化、科学化，使学校由一盘散沙迅速凝聚成一个指向明确并且运转灵活的有机整体。
傅斯年对台大的影响之巨，与蔡元培对北大的贡献相仿。至今傅斯年为台大立下的校训“敦品、力学、爱国、爱人”被一届一届的台大毕业生所遵循，这看似老生常谈的几个字，却别有傅斯年一番殷殷的期望。“敦品”即“敦厚品行”，使得青年人受到高等教育，培育完善的人格；“力学”为刻苦学习，傅斯年认为动荡年代这等学习机会实属难得，只有打好基础才能在社会有所作为；“爱国”是傅斯年一直提倡的，在国民党溃败台湾之际，傅斯年仍能提出热爱祖国而不谈台湾独立，是一种千年来崇高的民族精神与历史文化的传承；“爱人”即是调节人与人之间的关系，帮助和关心别人，傅斯年说爱人是步步着实，天天可行。
一位当时台大的学生唐本祥在《傅校长没有死》中回忆道：
傅校长的作风，代表着民主和平等。一切都尊重多数意见，一切都以着重基层为前提。讲到平等，又一个故事可以说明他。常到校长公馆去的人，老是看到傅校长和他的汽车司机对坐而弈，并且神情怡然，一点没有校长的架子。对于同学，傅校长真是爱护备至。平常在他的公馆里，他接待同学，像接待客人一样，在学校里，他会在背后拍拍同学的肩膀，问一声讯，或是谈几句话。
在纪念北大52周年的会上，傅斯年曾认为自己的学问比不上胡适之先生，但办事却比胡先生高明。他曾笑着批评蔡元培和胡适说：“这两位先生的办事，真不敢恭维。”等到傅斯年去世后，胡适慨叹：“过去只有一个人有资格骂我，他就是傅孟真。现在他走了，我连骂声也听不到了。”是啊，傅斯年的那股子直言不讳的豪侠气概确实令认识他的人感到敬佩，他是20世纪的现代士大夫。可惜，自这头“倔牛”之后，这样的人越来越少了。
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